پژوهشگران ارجمند قرآنی می‌توانند طرح‌های پژوهشی خود را بر اساس اولویت‌های پژوهشی معاونت و از طریق سامانه ثبت طرح‌های پژوهشی ارسال نمایند. طرح‌ها پس از دریافت توسط کارشناسان و صاحبنظران امر بررسی شده و در صورت لزوم به شورای پژوهش و بررسی آثار جهت بررسی دقیق‌تر ارجاع می‌شوند.

ترجمه و آثار تخصصی قرآنی نیز پس از دریافت، برای عده‌ای از بهترین مترجمین و صاحبنظران قرآنی کشور جهت بررسی و ارزیابی ارسال و جمع‌بندی نظرات ایشان به عنوان نظر نهایی لحاظ می‌گردد.